Original article

Simple Sequence Repeat (SSR) profiling of cultivated Limau Madu (Citrus reticulata Blanco) in Malaysia

Profils de séquences répétées en tandem (SSR) pour la variété d’agrume Limau Madu (Citrus reticulata Blanco) cultivée en Malaisie

Perfiles de repetición de secuencia única (SSR) para la variedad cítrica Limau Madu (Citrus reticulata Blanco) cultivada en Malasia

¹ Sch. Biosci. Biotechnol., Fac. Sci. Technol., Univ. Kebangsaan Malaysia, 43600UKM Bangi, Selangor, Malaysia
² Sch. Environ. Nat. Resour. Sci., Fac. Sci., Technol., Univ. Kebangsaan Malaysia, 43600UKM Bangi, Selangor, Malaysia
³ Dep. Plant Resour., Coll. Ind. Sci., Kongju Ntl. Univ. Yesan, 340-702, Repub.Korea
⁴ Inst. Syst. Biol. (INBIOSIS), Univ. Kebangsaan Malaysia, 43600UKM Bangi, Selangor, Malaysia
normah@ukm.my

^* Correspondence and reprints

Received: 28 February 2011
Accepted: 28 June 2011

Abstract

Introduction. In Malaysia, Limau Madu (Citrus reticulata Blanco; Citrus suhuiensis Hort. ex Tanaka) is commercially cultivated for local consumption. It is a loose-peel mandarin with fruits that are spherical in shape with shiny green or greenish yellow peel. In Malaysia, Limau Madu is vegetatively propagated, thus it is presumed to exhibit minimal variability. In our study, the genetic variability and genetic relatedness among cultivated samples collected from different states in Malaysia were assessed using Simple Sequence Repeat (SSR) primers. Materials and methods. Thirty pairs of SSR primers derived from Citrus unshiu were screened and 22 SSR primer pairs were utilized to assess genetic variability and relatedness among 118 cultivated samples. Results and discussion. The percentage of SSR transferability from C. unshiu to C. reticulata (Limau Madu) was 73.33%, which indicated that the primer sequences flanking simple sequence repeats were conserved among these Citrus species. Most SSR loci revealed a large excess of heterozygotes. In our study, low allelic diversity was shown, with an average of 5.227 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC) ranged from 0.048 to 0.674. Based on UPGMA clustering analysis, four groups were identified from these citrus genotypes with a mean genetic distance of 0.170. Low genetic variability within species was probably due to vegetative propagation or inability to detect differences among samples using these primers.

Résumé

Introduction. En Malaisie, la variété d’agrume Limau Madu (Citrus reticulata Blanco ; Citrus suhuiensis Hort. ex Tanaka) est commercialement cultivée pour la consommation locale. C’est une mandarine facile à peler, avec un fruit de forme sphérique et une peau de couleur vert-brillant ou jaune-verdâtre. En Malaisie, la variété Limau Madu est propagée végétativement, de ce fait on présume qu’elle a une variabilité minimale. Dans notre étude, la variabilité génétique et la parenté génétique d’accessions de Limau Madu ont été évaluées parmi des échantillons cultivés et collectés dans différents états de la Malaisie, en utilisant des amorces de séquences répétées en tandem (SSR). Matériel et méthodes. Trente paires d’amorces de SSR dérivées de Citrus unshiu ont été examinées et 22 paires d’amorce de SSR ont été employées pour évaluer la variabilité génétique et la parenté parmi 118 échantillons de Limau Madu cultivés. Résultats et discussion. Le pourcentage de la transférabilité de SSR de C. unshiu vers C. reticulata (Limau Madu) a été de 73,33 %, ce qui indiquerait que les séquences d’amorce encadrant les séquences répétées en tandem ont été préservées parmi les espèces d’agrumes. La plupart d es loci de SSR ont révélé un grand excès d’hétérozygotes. Dans notre étude, une faible diversité allélique a été enregistrée avec une moyenne de 5,227 allèles par locus. La valeur de l’information polymorphe a varié de 0,048 à 0,674. En se basant sur l’analyse des classes par la méthode UPGMA, quatre groupes ont été identifiés à partir de ces génotypes d’agrume avec une distance génétique moyenne de 0,170. La faible variabilité génétique au sein de l’espèce pourrait être attribuée soit à la multiplication végétative soit à l’incapacité de détecter des différences parmi des échantillons en utilisant nos amorces.

Resumen

Introducción. En Malasia, la variedad cítrica Limau Madu (Citrus reticulata Blanco; Citrus suhuiensis Hort. ex Tanaka) se cultiva con fines comerciales para el consumo local. Se trata de una mandarina fácil de pelar, con un fruto en forma de esfera y una piel de color verde-brillante o amarillo-verdoso. En Malasia, la variedad Limau Madu está extendida vegetativamente, por lo que se presume que su variabilidad es mínima. Para nuestro estudio, se evaluaron la variabilidad genética y el parentesco genético de la muestra de material de Limau Madu, entre las muestras recolectadas en diferentes estados de Malasia, mediante el uso de cebadores de repetición de secuencia única (SSR). Material y métodos. Se examinaron treinta pares de cebadores de SSR derivados de Citrus unshiu y se emplearon 22 pares de cebadores de SSR para evaluar la variabilidad genética y el parentesco entre 118 muestras de Limau Madu cultivadas. Resultados y discusión. El porcentaje de la transferibilidad de SSR de C. unshiu hacia C. reticulata (Limau Madu) fue del 73,33%. Esto indicaría que las secuencias de cebador que delimitan las repeticiones de secuencia única se preservaron entre las especies de cítricos. La mayoría de los loci de SSR mostraron un gran exceso de heterocigotos. En nuestro estudio, se registró una diversidad alélica floja con una media de 5,227 alelos por locus. El valor de la información polimorfa varió de 0,048 a 0,674. En base al análisis de clases mediante el método UPGMA, se identificaron cuatro grupos, a partir de estos genotipos de cítricos, con una distancia genética media de 0,170. La floja variabilidad genética en el seno de la espe cie podría atribuirse o bien a la multiplicación vegetativa o bien a la incapacidad de detectar diferencias entre las muestras con el uso de nuestros cebadores.