Methylation-sensitive amplification polymorphism (MSAP) protocol to assess CpG and CpNpG methylation in the banana genome

CIRAD-Bios, UMR DAP, TA A-96 / 03, Avenue Agropolis, 34398 Montpellier Cedex 5, France sandrine.causse@cirad.fr, thierry.legavre@cirad.fr

Corresponding author: christophe.baurens@cirad.fr

Abstract

Introduction. The technique presented provides molecular markers for DNA methylation studies in the Musa sp. genome. This technique can be used for studying DNA methylation in natural populations, in mapping populations, and also in plant organs or during plant development. The principle, key advantages, starting plant material, time required and expected results are presented. Materials and methods. This part describes the required materials, and the protocols for producing MSAP autoradiography with HpaII / MspI (CCGG methylation) and for EcoRII / PspGI (CCWGG methylation). It mentions the main problems which can occur. Results. The protocol makes it possible to detect CCWGG and CCGG methylated sites.

Résumé

Introduction. La technique présentée fournit des marqueurs moléculaires permettant des études de la méthylation de l'ADN du génome de l'espèce Musa. Cette technique peut être utilisée pour l’étude de la méthylation de l’ADN dans les populations naturelles de bananier, dans des populations de cartographie, dans les organes de la plante et au cours du développement. Le principe, les principaux avantages, le matériel végétal utilisé, le temps nécessaire et les résultats attendus sont présentés. Matériel et méthodes. Cette partie décrit le matériel de laboratoire nécessaire, et les protocoles pour produire des autoradiographies MSAP ave HpaII / MspI (méthylation de CCGG) et EcoRII / PspGI (méthylation de CCWGG). Elle mentionne les principaux problèmes pouvant se poser. Résultats. Le protocole permet de détecter les sites CCWGG et CCGG méthylés.