Extraction and purification of total RNA from banana tissues (small scale).

¹  CIRAD, UMR Qualitrop, Station de Neufchâteau Sainte-Marie, 97130 Capesterre-Belle-Eau, Guadeloupe, France
²  INRA, UMR 1270 Qualitrop, Domaine de Duclos, Prise d’eau, 97170 Petit-Bourg, Guadeloupe, France ; Bernard.Fils-Lycaon@antilles.inra.fr, Colette.Galas@antilles.inra.fr, Rose-Marie.Gomez@antilles.inra.fr
³  CIRAD-Persyst, UMR Qualisud, Fac. Farm., Univ. Sao Paulo, avenida Lineu Prestes, 580, Bloco 14, 05508-900 São Paulo – SP, Brasil ; marc.chillet@cirad.fr
⁴  CIRAD, UMR Qualisud, Station de Neufchâteau Sainte-Marie, 97130 Capesterre-Belle-Eau, Guadeloupe, France ; olivier.hubert@cirad.fr

Corresponding author: mbeguie@cirad.fr

Abstract

Introduction. This protocol aims at preparing total RNA for gene expression analysis by Northern blots, RT-PCR and real-time quantitative PCR; cDNA isolation by RT-PCR; and cDNA library construction. The principle, key advantages, starting plant material, time required for obtaining total RNA and expected results are presented. Materials and methods. This part describes the required materials and the 27 steps necessary for preparing RNA from peel and pulp fruit tissue: preparation of plant tissue powder, preparation of the complete RNA extraction buffer and isolation of RNA from ground banana fruit tissue. Results. Extraction of total RNA by the method described makes it possible to achieve electrophoresis under denatured conditions and in vitro reverse transcription. An example for Northern blot analysis is illustrated.

Résumé

Introduction. Le protocole vise à préparer de l’ARN total pour l’étude de l’expression de gènes par les techniques de Northern Blots, de Reverse Transcription PCR, et de PCR quantitative en temps réel ; pour l’isolement de cDNA par Reverse Transcription PCR ; pour la construction de bibliothèque de cDNA. Le principe, les principaux avantages, le matériel végétal requis, le temps nécessaire à l’obtention de l’ARN total et les résultats escomptés sont présentés. Matériel et méthodes. Cette partie décrit le matériel et les 27 étapes nécessaires pour préparer l'ARN à partir de tissus de peau et de pulpe de banane : préparation de la poudre de tissus végétaux, préparation du tampon d'extraction de l'ARN total, isolement de l'ARN à partir du tissu de banane broyé. Résultats. L'extraction de l'ARN total par la méthode décrite permet de réaliser son électrophorèse avec un gel à base de formaldéhyde comme dénaturant et sa transcription réverse in vitro. Un exemple d’application de Northern Blots est donné.