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Fruits
Volume 70, Number 1, January-February 2015
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Page(s) | 47 - 51 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/fruits/2014042 | |
Published online | 20 January 2015 |
Technical note
Toward a more efficient isolation of total RNA from loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) tissues
Pour une meilleure methode d’extraction de l’ARN des tissus de néflier du Japon (Eriobotrya japonica Lindl.)
Instituto Agroforestal Mediterráneo, Universitat Politècnica de
València. Cno. Vera s/n. 46022
Valencia,
Spain
⋆ Corresponding author: mareiva@prv.upv.es
Received: 6 July 2014
Accepted: 4 November 2014
Introduction. Loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) tissues contain considerable amounts of polyphenolic compounds and polysaccharides which can copurify with RNA. This can render the RNA unsuitable for DNA synthesis and makes the isolation of high quality RNA from loquat tissues particularly difficult. Materials and methods. Total RNA was extracted from leaves, buds and fruit of loquat by adapting the method described by Song et al. in 2011. This involved improvements both to the extraction protocol and RNA purity. Results and discussion. Our modified method resulted in the isolation of high quality RNA with yields 6–20 times higher than that reported for existing methods. We obtained A260/280 ratios of 2–2.40 A260/230 ratios of 2–2.31 and RNA integrity numbers (RIN) of 8 to 8.3. The RNA obtained has reached the requested quality for downstream applications such as quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) experiments.
Résumé
Introduction. Les tissus du néflier du Japon (Eriobotrya japonica Lindl.) contiennent des quantités considérables de composés phénoliques et des polysaccharides qui accompagnent souvent l’ARN au cours de la purification, le rendant alors impropre à la synthèse d’ADN. Cette caractéristique fait qu’il est particulièrement difficile d’isoler de l’ARN de haute qualité à partir des tissus du bibacier. Matériel et méthodes. L’ARN total a été extrait des feuilles, des bourgeons et de la pulpe des fruits du bibacier à partir de la méthode décrite par Song et al. in 2011. Les améliorations proposées portent à la fois sur le protocole d’extraction et la pureté de l’ARN extrait. Résultats et discussion. Notre méthode modifiée a abouti à l’isolement d’ARN de haute qualité, avec un rendement 6 à 20 fois plus élevé que ceux rapportés précédemment, des rapports A260/280 de 2.00–2.40 et des rapports A260/230 de 2.00–2.31, et une intégrité de l’ARN (RIN) de 8.00–830. L’ARN ainsi obtenu atteint le niveau requis pour des applications en aval, telles que les expériences de PCR quantitative en temps réel (RT-qPCR).
Key words: Spain / loquat / Eriobotrya japonica / phenolics / RNA extraction
Mots clés : Espagne / bibacier / néflier du Japon / Eriobotrya japonica / composés phénoliques / extraction d’ARN
© 2015 Cirad/EDP Sciences