Transferability of SSR markers from lychee (Litchi chinensis Sonn.) to pulasan (Nephelium ramboutan-ake L.)

School of Environmental and Natural Resource Sciences, Faculty of Science and Technology, University Kebangsaan Malaysia, 43600 Bangi, Selangor, Malaysia

Received: 24 May 2005
Accepted: 2 September 2005

Abstract

Introduction. Pulasan and lychee are from the same family and closely related, therefore the SSR markers are expected to be highly transferable between these two taxa. We investigated the transferability of 12 lychee (Litchi chinensis Sonn.) simple sequence repeat (SSR) loci to pulasan (Nephelium ramboutan-ake L.). Materials and methods. Genomic DNA was extracted from 20 accessions of pulasan for the PCR amplification of the SSR loci using 12 pairs of SSR primers derived from lychee. The PCR products were resolved on denaturing polyacrylamide gels. Results. The percentage of SSR transferability from lychee to pulasan was 58.3% and the percentage of polymorphic SSR markers was 25%. Discussion. The moderate transferability and low polymorphism rates suggest the possibility of interruptions within the repeat motif and mutations in the flanking sequences of SSR repeat motifs. Our results did not reveal a high rate of transferability between lychee and pulasan. However, this study showed that the SSR markers developed in lychee are a good source of molecular markers for pulasan.

Résumé

Introduction. Kapulasans et litchis sont de la même famille et étroitement liés, on s’attendrait donc à ce que les marqueurs SSR soient fortement transmissibles entre ces deux taxa. Nous avons testé la transférabilité de 12 marqueurs SSR du litchi (L. chinensis Sonn.) au kapulasan (N. ramboutan-ake L.). Matériel et méthodes. De l’ADN génomique a été extrait de 20 accessions de kapulasan afin d’amplifier des loci SSR en utilisant 12 paires d’amorces issues de litchi. Les produits issus de PCR ont été révélés sur gels de polyacrylamide. Résultats. Le pourcentage de la transférabilité des marqueurs SSR du litchi au kapulasan a été de 58,3 % et le pourcentage de marqueurs SSR polymorphes a été de 25 %. Discussion. La transférabilité modérée et les faibles taux de polymorphisme obtenus suggèrent que des interruptions aient pu intervenir dans le processus de répétition des séquences et que des mutations aient pu avoir lieu dans les séquences de motifs répétés des SSR. Nos résultats n’ont pas révélé un taux élevé de transférabilité entre le litchi et le kapulasan. Cependant, notre étude a prouvé que les marqueurs SSR développés pour le litchi sont une bonne source de marqueurs moléculaires pour le kapulasan.